Lo studioso di topografia monumentale e archeologia esordì nel 1809, durante l’occupazione francese. Dopo la caduta del potere temporale di papa Pio VII, Napoleone con il decreto del 17 maggio, emanato da Schönbrunn, dichiarava Roma imperiale, ricevendo di conseguenza la bolla di scomunica. Il 6 luglio dello stesso anno Pio VII veniva arrestato dal generale Miollis e il 17 febbraio del 1810 Roma veniva incorporata all’Impero francese. Il trasferimento del Sacro Collegio e delle altre importanti istituzioni pontificie avrebbero avuto un’influenza decisiva sulla carriera del giovane Nibby. Il 28 dicembre del 1809 fondava l’Accademia Ellenica, istituzione di rilievo avente quale obiettivo la diffusione e la valorizzazione della cultura classica; tra i suoi soci annoverava gli archeologi Carlo Fea ed Ennio Quirino Visconti. Nel 1812 Nibby veniva nominato scrittore di lingua greca nella Biblioteca Vaticana. Nel 1814, dopo la restaurazione del regno di Luigi XVIII in Francia, il papa rientrò in Roma, destituendo di conseguenza gli impiegati della precedente provvisoria sistemazione e ristabilendo gli antichi servizi. Lo studioso, costretto ad abbandonare il suo posto, venne assunto dal fratello di Napoleone, Luigi Bonaparte, quale segretario. Nel 1815 sposò Maria Valburga in San Lorenzo in Lucina. L’anno successivo ottenne la nomina dal prelato Nicolai di collaboratore nella segreteria della Congregazione Economica che lo portò alla pubblicazione delle Epigrafi greche e romane conservate nell’antica Basilica di San Paolo (1815). Scioltasi nel 1814 l’Accademia Ellenica, il Nibby aderì, nel 1816, a quella Romana di Archeologia. Tra il 1817 e il 1818 si dedicò alla traduzione de La Grecia di Pausania, che pubblicò insieme al Saggio di osservazioni critiche, geografiche, antiquarie sopra Pausania. Nel 1820 non ancora trentenne ricoprì la carica di docente di Archeologia all’Università di Roma. Artefice di importanti rilevamenti scientifici e scoperte nell’ambito della topografia monumentale, in collaborazione con lo studioso William Gell, topografo inglese, redasse nel 1827 una carta dell’antico Lazio, maturata dieci anni dopo nell’opera Analisi storico-topografico-antiquaria della carta dei dintorni di Roma (1837, 3 voll.), ristampata in edizione postuma nel 1848-49. Il Nibby è autore inoltre di numerosi saggi di studi su Roma, per la maggior parte inseriti in Dissertazioni dell’Accademia romana di archeologia (1821). A lui spetta il notevole contributo nel campo della giovane disciplina scientifica, l’archeologia, grazie al ritrovamento di un importante tessuto urbanistico dell’antica Roma, fino ad allora trascurato, maturato in importanti pubblicazioni come quelle sul Foro Romano e la Via Sacra (1819), sul Tempio della Pace (1819), sulle Mura di Roma (1820) e sugli Orti Serviliani (1833). Ancora a lui si deve la notevole pubblicazione Roma nell’anno 1838 (4 voll., 1838-41). Il 29 dicembre 1839 lo studioso muore nel suo appartamento ubicato in Via di Ripetta al n. 210 e fu sepolto in Campo Verano, così come è riportato nel volume primo (foglio 116, n. 93) del libro dei morti della parrocchia di San Rocco: «Anno Domini 1839. Die 29 decembris hora circiter 5 a noctis Antonius Nibby romanus q.m. Vincentii, annorum 49, vir Wamburgae Viviani, in comunione S(anctae) M(atris) E(cclesiae) ex hac vita migravit in domo sita in via vulgo dicta “Di Ripetta n. 210” eiusque corpus capsa inclusum, et ad nostram paroecialem Ecclesiam delatum, expletis de more exequiis, in coemeterio S. Laurentii in Campo Verano fuit sepultum. Apopletico morbo correptus sacramentali absolutione, et extrema unctione sacramento tantum potuit munir. Ita est V. Crescenzi par (ochus)».